Rysunek 4. Na rysunku mamy podpermutację (1,2,4,3,5,6) oraz minimalną podpermutację (2,4,3,5). Warto zauważyć, że w genomie docelowym (na dole) istnieje podpermutacja (1,2,3,4,5,6). Gdyby genom docelowy miał postać ((1,2,3,4),(5,6,7,8,9)) to (1,2,3,4,5,6) nie byłoby podpermutacją.